木包裝箱在運輸貨物的過程中難免會遇到一些情況或問題，具體可以分為以下幾點運輸過程中的問題：

一.運載工具不清潔造成包裝箱污染。如承載過煤炭、化肥、農藥等物質后，對運載工具不及時清洗會對再次運輸的貨物造成損害或污染。

二.運輸途中不加蓋蓬布造成雨淋、日曬，這也會造成包裝箱破損、退色、老化等，在運輸途中，尤其是長途運輸，必須要加蓋蓬布進行防雨、防日曬。

三.裝載方法不當造成的木包裝箱損害，如：

①裝載貨物不實，貨與貨之間有空隙，在運輸途中造成貨物之間互相碰撞、摩擦。

②裝載貨物倒置使內裝物液體滲漏對其它包裝箱浸泡和污染。

③貨物在運載工具上的堆碼不當，使底層貨物承載過重，造成包裝箱破損。除此之外，商品在運輸過程中還有來自于汽車、火車、輪船裝、飛機等交通工具的振動等等，必須采取相應的措施。